小鼠骨髓間充質干細胞的分離方法有全骨髓法和密度梯度離心法，全骨髓法即根據干細胞貼壁特性，定期換液除去不貼壁細胞，從而達到純化MSC的目的。密度梯度離心法即根據骨髓中細胞成分比重的不同，提取單核細胞進行貼壁培養。

　　分離培養結果的差異可能是由于各個研究小組標本來源、采用的分離方法不同從而所獲得的細胞不同，或者用來檢測的細胞代數不同，或者培養過程中用的胎牛血清不同，導致MSCs獲得或失去這些表面標記物的表達。

　　小鼠骨髓間充質干細胞的培養一定要用塑料培養瓶，不能用玻璃的。因為象間質干這類的基質細胞不易貼玻璃，而且現在買的培養瓶都涂有一層促細胞貼壁的物質，而且隨著細胞的擴增，端粒的長度不變，單個MAPC來源的細胞群不僅能在體外向3個胚層的細胞分化，而且能在體內能夠向各種組織細胞分化，相比較而言，形態與MSC相似的體外培養的皮膚成纖維細胞則不具有類似的分化潛能。

　　原代分離的間充質干細胞在接種后培養24小時，細胞開始貼壁，胞體呈圓形或多邊形，培養第3-5天，細胞開始較緊密貼附壁上并開始有細胞呈梭形，并不斷長大、變長，但未觀察到細胞分裂，隨著細胞數的增加，細胞的生長速度變快，逐漸成漩渦狀排列，培養第12天貼壁細胞長滿瓶底的80%，并融合成片。采用貼壁培養法可獲得足夠數量、生長狀態良好、增殖能力強的間充質干細胞，隨傳代數增加，其純度增加，且該方法簡單、實用。